Toen in de 2de helft van 1942 als de Duitsers beginnen met het systematisch wegvoeren van Nederlandse arbeiders naar Duitsland voor de oorlogsindustrie werd pas duidelijk dat Nederland een landelijke verzetsorganisatie mistte. Op kleine schaal werden er al onderduikers opgenomen wat voornamelijk in de achterhoek, hier is de LO dan ook ontstaan.

Het begon met gevluchte joden en Engelse, Franse en Belgische krijgsgevangenen te helpen die uit kampen in Duitsland ontsnapt waren en mondde uiteindelijk uit in acties die erop gericht waren de mensen voor de Arbeidseinsatz te behoeden. Helena Kuipers en haar man Piet zagen het als hun plicht om deze jongemannen te behoeden voor de arbeidseinsatz, dankzij hun contacten met de gereformeerde wereld konden ze veel geschikte onderduikadressen vinden. Naarmate het jaar 1942 vorderde bleek ook hoeveel werk het kostte om onderduikadressen, bonkaarten en dergelijke te vinden, al het werk dreigde Piet teveel te worden, die ook nog een verantwoordelijkheid had voor een textielbedrijf. Niks deed in november echter vermoeden dat door een ontmoeting met Frits de zwervende dominee binnen enkele maanden een grote organisatie geboren zou zijn. 

Op 25 november werd in een meubelzaak met gelijkgezinden een bijeenkomst georganiseerd over het verzet tegen de Duitsers, de LO was geboren. Er werd een commissie Van Zanten ingesteld, die het principiële verzet zou ondersteunen en werken aan praktische zaken met betrekking tot onderduikers. De commissie werd genoemd naar de man die leiding eraan zou geven, Ouderling Van Zanten (Een van de aliassen van Frits Slomp). Ondanks de gebrekkige communicatiemiddelen in die tijd werden verrassend snel over het hele land contacten gelegd met verzetsgroepen en gelijkgezinden, alleen met Friesland lukte het lange tijd niet om contact te leggen.
Al in het begin van 1943 werden dankzij de interprovinciale contacten al diverse activiteiten voor onderduikers opgezet. Om het nog makkelijker te maken werd besloten vertegenwoordigers uit de betrokken gemeente bijeen te krijgen, Zwolle leek hiervoor een geschikte plaats en halverwege januari 1943 werd de eerste vergadering gehouden met alle plaatsen waarmee tot noch toe contact was gelegd. Er werden steeds meer plaatsen betrokken bij het verzetswerk wat op den duur problemen opleverde omdat er steeds meer mensen naar de vergaderingen kwamen.
Het werd dus steeds moeilijker om zoveel mensen ongezien naar binnen te krijgen om geen argwaan van de Duitsers te wekken. Tijdens de vergaderingen werden door diverse mensen onderhandelt over de door hun op papier meegebrachte onderduikers, waardoor de vergadering al snel werd aangeduid als ‘’de Beurs’’. Gezien het feit dat het netwerk van de LO steeds groter werd (en er dus ook meer plaatsen vertegenwoordigt moesten worden) werd besloten tot het instelling van regionale beurzen. Op de LO-top bijeenkomsten werd voortaan niet meer gesproken over individuele onderduikers maar werden grotere problemen besproken.
Het resultaat van deze vorm van verzet hield in dat er veel meer mensen konden worden behoed voor arbeitseinsatz dankzij de samenwerking tussen de verschillende plaatsen en groepen.

Ook de Duitsers zaten niet stil en kwamen met maatregelen. Rauter, was de "Höhere SS-und Polizeiführer" in het bezette Nederlanden daarmee een van de leiders van het Duitse bestuur in Nederland zat ook niet stil en kwam met maatregelen. Er werd een nieuw systeem ingevoerd met betrekking tot de distributiestamkaart (welke nodig was om bonkaarten op te kunnen halen). Er werd een nieuwe kaart, de zogenaamde Tweede Distributiestamkaart ingevoerd met bijbehorende controlezegel, zonder deze zegel kreeg je geen bonkaarten meer, en onderduikers kregen deze zegels natuurlijk niet. Door deze maatregelen kwamen veel onderduikers in de problemen en werden van tijd tot tijd distributiekantoren overvallen door de Landelijke Knokploegen (LKP) om toch in de behoefte te kunnen voorzien.
Het verzet werd door de Duitsers natuurlijk fel bestreden en niet zelden werden er verzetsstrijders opgepakt of volgde er represaillemaatregelen van de Duitsers na een actie van het verzet. Zo werd op 19 oktober 1943 de beurs in Hoorn overvallen en viel een groot deel van de landelijke leiding in handen van de Duitsers. De dag erna viel ook een deel van de LO-leiding Utrecht in handen van de Duitsers en daarmee alweer een deel van de toch al uitgedunde landelijke vertegenwoordigers. De LO besloot uit veiligheidsoverwegingen te decentraliseren.
Ondanks decentralisatie vond men landelijke aansturing nog steeds noodzakelijk. Van de ‘’Top’’ maakte uit: Jan Hendrikx (LO-Limburg), Henk Dienske (LO-Noord-Holland), Kees Pruys (LO-Gelderland), Teus van Vliet (LO-Zuid-Holland) en Izaak van der Horst die ook deel uitmaakte van de LKP-Top, hij was verantwoordelijk voor de contacten tussen de twee organisaties. Na een arrestatiegolf van de ‘’Top’’ in de zomer van 1944 werd door de overgeblevenen een Dagelijks Bestuur gevormd, in dit bestuur zaten Pruys, Douque, Van Riezen en Van Vliet.In Londen was de LO echter niet bekend, en niet op de hoogte van de werkzaamheden die verricht werden door de LO, met het oog op de komende invasie was het volgens het Dagelijks Bestuur een goed idee een vertegenwoordiger naar Londen te sturen om de organisatie te vertegenwoordigen. Ze vonden de Roermonds pater L. Bleijs die na maanden van reizen via Frankrijk, Zwitserland en  Spanje uiteindelijk in Londen aankwam.
Daar aangekomen kon Bleijs de regering op de hoogte  brengen van de werkzaamheden die de LO en de nevenorganisatie de LKP verrichten in Nederland. Het zenden van een vertegenwoordiger was van groot belang voor het verdere verloop van organisatie, naast de LO/LKP had ook de Raad van Verzet (RVV) een vertegenwoordiger gezonden. De regering wilde echter weten welke organisatie het beste mee te werken was met het oog op de aanstaande bevrijding van Nederland, en welke dus organisatie de droppings met wapens en sabotagemateriaal moest ontvangen. Om de meeste geschikte organisatie uit te kiezen werden er twee geheim agenten gestuurd, een naar elke organisatie. In plaats van dat een van beide alles zou krijgen zorgden ze dat beide organisaties droppings met wapens en sabotagemateriaal kregen van de Engelsen.
Halverwege 1944 kondigt Hitler een besluit af dat opgepakte ‘’terroristen en saboteurs’’ niet meer zouden worden berecht maar meteen aan de Sicherheitsdienst zouden moeten worden overgedragen. Tussen half augustus en begin september 1944 werden als gevolg van deze maatregel in Vught 450 gevangenen geëxecuteerd. Waaronder een groot aantal leden van de LO- en LKP-top, deze executies staan bekend als de Deppner-executies.

Vlak erna, op 5 september 144 werd bekend gemaakt dat alle in Nederland opererende verzetsgroepen voortaan deel uit zouden maken van de Nederlandse Binnenlandse Strijdkrachten (NBS). Met de oprichting van de Nederlandse Binnenlandse Strijdkrachten kwam een einde aan het bestaan van de LO. De LO was een van de belangrijkste verzetsorganisaties in Nederland tijdens de tweede wereldoorlog. Volgens een balans die na de oorlog is opgemaakt telde de LO tot september 1944 ongeveer 15.000 medewerkers, mannen en vrouwen en uit alle lagen van de bevolking. Met het oog op de aanstaande bevrijding zijn hier na september 1944 nog velen bijgekomen.
Van de LO zijn er door gewelddadigheden of verblijf in een concentratiekamp rond de 1.100 medewerkers waaronder 22 vrouwen omgekomen. Bijna de helft van deze mensen is gefusilleerd. Net als bij de LKP was ook het grootste deel van de medewerkers van de LO hoogopgeleid of zelfstandig. Velen tientallen hebben na de oorlog blijvende schade aan lichaam of geest ondervonden.